Shy telah tumbuh dewasa setelah bertempur melawan Amalareik, yang dipimpin oleh anak laki-laki misterius bernama Stigma. Ketika dia kembali ke Jepang, dia bertemu dengan seorang gadis bernama Ai Tennouji yang telah melarikan diri dari desa ninjanya. Ai memberi tahu Shy bahwa dia meninggalkan desa untuk mengejar anggota ‘Amalareik.’ Sementara itu, sebuah insiden terjadi di mana Tokyo tiba-tiba diselimuti bola hitam dan menghilang. Para pahlawan dikirim untuk menyelamatkan Tokyo.