Joe Higan adalah seorang Nukenin; mantan ninja yang melarikan diri dari klannya dan bersembunyi dari masa lalunya yang penuh kekerasan di pedesaan Amerika bersama keluarganya. Suatu malam, dia disergap oleh tim pembunuh bayaran dari mantan organisasinya yang menuntut pembalasan berdarah terhadap Joe dan keluarganya karena telah mengkhianati kode kuno mereka. Bangkit dari kematiannya, Joe akan muncul kembali sebagai dirinya yang dulu, Ninja Kamui, untuk membalaskan dendam keluarga dan teman-temannya. Kamui adalah seorang ninja abad ke-21, anakronisme bayangan yang mengadu keterampilan kuno melawan persenjataan berteknologi tinggi dengan kemahiran yang brutal. Dia harus berhadapan dengan para pembunuh terlatih, cyborg tempur, dan ninja-ninja saingannya untuk menjatuhkan klan yang menciptakannya.